真剣交際してる彼が何を考えてるのか分かりません。(28歳・女性）

まず、質問者様はなぜ別人のふりをしたアカウントで、マッチングアプリで彼のことを探っていましたか？彼のケータイを見たとか、通知で気づいてしまった以外では思い当たりませんが・・・もし、質問者様も彼を探し当てる以外で彼がやているマッチングアプリを探し当てるのは、途方もない作業だったと思います。「まだ」マッチングアプリを消していなかった、という文言から、彼がマッチングアプリを利用していたことがあるということがある、ということを知っていたと思われる質問者様。その時点で、彼のことは信用はできていなかったのだと思います。様々な方法で彼が「もうやっていない」という確信を得たかったお気持ちは非常に共感できます。
以前私もマッチングアプリを利用していましたが、ある程度の年齢で特に活動もしていなさそう・課金していなさそう・写真が不明瞭なものしか載せていない方（特に男性）は、既婚者やパートナーがいる方が多い印象でした。これは数名の男友達からもその可能性が高いという話を聞いて、確信に変わりました。質問者様の彼も本交際の彼女（質問者様）という存在があるので、いわゆる恋活や浮気などに使っているつもりはないと思います。ではなぜ彼らがマッチングアプリを利用しているのか。それは、自分の男として求められる評価がわかりやすく見えるツールだからです。見た目を含む自分の評価が、世の女性たちにいいねを押されることで分かりやすく目に見える。浮気ほどではないにしても、刺激を求めているのだと思います。
現在お２人は結婚相談所で知り合い本交際中とのこと。順調にいけば成婚ということになるのでしょうが、今回のように質問者様が真相を確かめるためにマッチングアプリに登録されたのが相談所的にアウトでなければ、相談所の仲人さん（職員）に相談してみるのも手かもしれません。彼に何らかのペナルティをつけてくれるのではないかと思います。もし、表ざたにするのが辛いようでしたら、彼に直接聞くしかないでしょう。「こういったきっかけで、あなたがマッチングアプリに登録していることに気づいて探ってしまった。私という本交際の彼女がありながら、信用を無くすような行為を続けられていて、心底見損なった。成婚退会は考えさせてほしい」という内容で。質問者様の動きによって、彼が誠心誠意謝り目の前でアプリを消したりなどの対策をとってくれるようなら、今回はおとがめなしとするしかないです。深追いしてしまったご自身も反省するしかない。しかし、逆切れされたり、1度きりでやめなかった場合になって初めて「信用できない人間」扱いしてもよいと思います。正直、成婚した後にも続けているようであれば慰謝料を請求してもおかしくない案件です。現時点で彼との別れを考えているのであれば、今のうちに証拠を集めておけば結婚相談所の方にも説明しやすいと思います。
正直、彼のことが信用できる人間かどうかを評価するのは質問者様次第です。こんなことがあっても彼が質問者様に信用できるような対応をとれるようであれば、今回のことは水に流して彼を信じるように方向転換すれば「彼を信用できている」。今回のことが遺恨になってしまい、信用できない日々を過ごすのが辛いなら、離れればいいだけのことです。厳しい決断かもしれませんが、どうか乗り越えてくださいね。応援しています。