彼との関係性と三角関係(18歳・女性）

彼に相談済みなのはいいことだと思います。片思いをされるのにしても、学校独特の事情もあると思うので、相談先をたくさん作っておくのはいいことだと思います。
さて、解決策のヒントですが、彼と一緒に支援級の先生に相談をしてみるのはどうでしょうか。後輩の支援が必要な面は今回の質問文ではわかりませんでしたが、そい言った事情を取っ払ったとしても、相手のことを知って対策するためには、相手の担任の先生に話を聞きに行けば対策を一緒に考えてくれると思います。そのためには、質問者様が彼とお付き合いをしていることを伝えなくてはいけませんが、先生に事情を説明するためには必要な情報だと思います。
伝える内容としては、後輩とは友達として仲良くしていること。質問者様に好意を持ってくれているのは（誰かから聞いたなどで）気づいている。しかし、毎日ゲームや通話に誘われていて「学業や部活動などに」影響が出てきていること。自分のお付き合いしている人がいることを相手は知らないのであれば、伝えたほうが彼にとっていいのか悪いのか。後輩と仲の良い人間関係を築いていきたいが、このままだと自分の生活に支障が出て、恨んでしまいそうな気がする。先生に間に入ってもらったり、対策を一緒に考えていただけないだろうか。など。質問者様は高校３年生でしょうか。受験や推薦、就職などに影響を出したくない、と伝えれば先生も気にかけてくれるのではないかと思います。
一昔前には、質問者様のように支援級の子と仲良くしてくれる子を勝手にお世話係に任命したり、好意を無下にするな、という先生もいたかと思いますが、現在はそういった「犠牲」のような働きかけは良しとされていません。社会に出ても、「悪い人ではないんだけど、どう扱ってよいかわからない」場合には人事や直属の上司に相談・情報共有することがセオリーです。学校生活の場合、これらは担任の先生や学年主任が担ってくれていると思うので、まずは相談してみることをお勧めします。すぐに何か対策はできなかったとしても、情報共有することによって質問者様の状況を変えていくヒントをもらえることが増えてくると思います。
先生公認の仲になるのは恥ずかしさもあるかもしれません。しかし、後輩にとって彼氏の存在がどう映るかの反応は未知数かと思うので、学校内の大人と協力しながら対策していくことが大切だと思います。それがたとえ同じクラスの友達であっても同じです。そういって場面で彼にも協力してもらうことは、彼のことを頼っているのと同じなので、悪い気はしないと思いますし、彼も人間関係の勉強になると思うので、ぜひ同席してもらうといいと思います。いい方向に解決していくといいですね。