仕事の相談をしたあとの言葉がずっと引っかかってます。(34歳・女性）

「パブリック（公の場や職場）で通用する話であって、プライベート（友達や異性関係）では通用しないよ」が6割、
「仕事の話だから聞いただけ、恋愛相談とかだったら内容によるよ（受け付けてないよ）」が4割な気がします。

あとは話の内容や時間帯、彼の性格などによって変わります。
例えば
・人間関係が絡まない技術的な話なら後者（仕事の話だから聞いただけ）の可能性が高い
・夜遅くに連絡したのなら後者（こんな遅い時間に話を聞いたのは、仕事の話だからだよ）の可能性が高い
これは「好意がない」と言ってるわけではなく、「恋愛では通用しない話」あるいは「恋愛相談なら力になれない」など、話の内容について言いたかったのだと思います。
嫌われているわけではありませんから、そこは心配されなくても良いと思います。

一点気がかりなのは、LINEのやり取りについて。
仕事の相談なら良いと思いますが、私的な相談や、単に「聞いてほしい」という連絡は避けた方が良いと思います。
わざわざLINEで連絡を取るということは、男性にとって「何か大事な用事がある」とみなされますから、相応の理由がないと嫌がられます。

【LINEでOKな話題】
・仕事の話（相談やアドバイスなど）
・日程調整（デートや出張など）
・彼にとって耳寄りな話（彼が好きなイベントが○○の期間でやっている。彼の好きな限定グッズが○○で販売されているなど）

彼にとって大事な話でなければ逆に嫌がられますので、その点はご注意下さい。