何度も遭遇する好きな人(18歳・女性）

私は結婚相談所に勤務して約15年、現役バリバリのスタッフです！
ご相談内容を拝見致しました。お相手様が気になる方なだけに、「違うのよ！偶然だって！」と叫びたい気持ちになりますね・・・
おそらく質問者様と意中の男性は、行動パターンが似ていらっしゃるんでしょうね。私もたまたま、そんな人が1人います。
その人は妻の友人なんですが、行く先々でまあ、会うんです。ヒドイ時は全然別の場所で1日に3回会った事もあります。
学校とか職場内とか同じ建物とか、限られた空間内じゃないんです。そこそこ違う場所で再会します。
「前世で何かあったんじゃないか」と笑い合っていますが、それくらい頻繁に会います。
私の場合はお互い、家庭のある身でそれ以上の事は何もなく、ただ驚いて笑い合い、「じゃあね」と別れて終了なんですが、質問者様の場合はお相手様が意中の方なだけにかなり気まずいですよね。
今はトイレさえもタイミングに気を使わないといけないという、乙女心というか、とても女性らしい、可愛らしいご配慮ですね（今の時代、こんな発言をすると色んなところから怒られそうですが・・・）。

しかし、私は正直、そこまでお相手様は（良い意味で）気にされていないんじゃないか？と考えております。
まず、「好きな人にたまたまよく会う」「よく目が合う」という話は割とあります。それは、他の方とも同じくらい会ってたり、目が合ったりするんですが、特にこちらが意識していないのでいちいち記憶しておらず、「何も無かったもの」として認識し、逐一脳にインプットされないんです。
しかし意中の方の場合、当然「気になる存在」なので、「また目が合った」「これで今日〇回目」と記憶に残りやすいわけです。
例えば「廊下ですれ違った」「授業中に目が合った」など、他の方とも同じくらい廊下ですれ違っているわけです。覚えているか覚えていないか、の違いなんです。

その証拠に・・・とまではいかないかもしれませんが、質問者様は一つ具体的な例を挙げて頂いておりますね。これ、逆な気がします。冷静に考えてみてください。
トイレに入っていたのは質問者様です。質問者様がトイレから出てきたら彼がいたんですよね。
「質問者様がたまたまトイレの前にいたところ、偶然彼がトイレから出てきて目が合った。私、ストーカーだと疑われてませんかね？」というのであればわかりますが、
この場合、端から見ると質問者様がトイレから出てくるのを待ってる様に見えるのは彼じゃないでしょうか・・・？
客観的に見て「確かに」と言って頂けると思いますが、これが混同してしまうほど、今、質問者様は誤解を解きたいお気持ちでいっぱい、という事なんでしょうね。

結論、あまり気にしすぎると返って行動がギクシャクして変な感じになります。敢えて語弊を恐れずに申し上げますと、男性は総じて女性より鈍感な方が多いので、現状、彼はそこまで疑ってないと思います。気にされないでください。
仮にもインスタを相互フォローしている相手なのに、「たまたまよく会う」くらいで嫌いになんてなりません。嫌いになってたらブロックしたりフォロー解除したり、明らかに冷たい態度だったり。もっとわかりやすく距離を置きます。
嫌いな相手を見つけてニヤニヤなんてしません。嫌いだと見たくも無いので、ニヤニヤと真逆の行動を取ります。
そもそも、仮に彼のニヤニヤが質問者様に向けて行っているものだとしても、「ニヤニヤするのはマイナスの感情から」とは限りません。
小さい頃、よく男子が好きな女子にちょっかいをかけているのを見た事はありませんでしょうか？
男性はいつまでたっても子供っぽいところがあります。大人になっても好きな相手に対してからかったり、憎まれ口を言ってみたりする男性は割といます。
悪い方に考える必要は無いと思います。肩の力を抜いてください。そして、トイレは質問者様の好きなタイミングで行ってください。体に悪いです・・。
以上、少しでもご参考になれば幸いです。