彼は私のこと恋愛的にみてくれてますか？(24歳・女性）

少し厳しめの意見になってしまって申し訳ないのですが、一般的に店長さんが従業員の方に手を出すということはなかなかしにくいことなのではないかなと思います。
店長さんはただご自身のお仕事をされていて、従業員のあなたを従業員として大切にしてくださっているだけのような印象を受けました。

こちらが相手を好きな場合、「私に気があるのではないか？！」と思うポイントを少しでも多く探してしまうものだと思います。
店長さんは特に気にせずしていることでも、あなたからすると「私のこと意識してくれてる？！」と思ってしまうこともあるかと思います。
店長さんの行動や発言に一喜一憂してしまうのは恋愛をしていたら当たり前だと思いますし、仕方のないことですよね。

やはり男性の店長という立場からすると、従業員に優しくしないといけないけれど、優しくしすぎて勘違いされても困る立場だと思うのです。
逆に優しくしすぎても、相手によってはセクハラと間違われかねない行動になってしまうこともあると思いますので、かなり気を遣っていらっしゃると思います。

仮にもし店長さんがあなたのことを好きだとしても、付き合うことを隠し通せるか、もしバレた場合に他の従業員の方が仕事をしにくくなったりしないかなど、店長さんの立場になると色々考えることが増えてしまい気軽にあなたと付き合うことはできないのではないかと思います。そうなると、好きでも好きな気持ちを抑えたり、好きにならないように気をつけたりすることになると思います。

職場恋愛というもの自体を否定すつもりはないですが（私も職場恋愛経験ありますし）、やはり職場は仕事をする場なので、店長さんがあなたを恋愛対象として見る可能性は低いのではないかなと思います。
だからといって好きになることを辞める必要もないと思います。
店長さんのことを好きだから仕事が楽しくできているのであれば、片思いを楽しみながら仕事をするのはいいことだと思います。

あと、いつも仲良い女性副店長の存在も気になりますね。
店長と副店長という立場なので、色々とお互いに相談もしやすいから仲がいいだけという可能性もありますが、逆にそちらの方とすでにお付き合いしている可能性はないのでしょうか。

お付き合いをしていなくてもそれだけ仲がいいのであれば、今後あなたが店長と付き合えたとしても、その副店長の方に嫉妬をしてしまったり、逆に副店長から嫉妬をされて微妙な扱いをされてしまわないかなど、色々なことが起こり得るのではないかなと思いました。

店長のことが本当に好きなら、振られる覚悟や、最悪仕事を辞める覚悟で告白してもいいと思いますし、やはり仕事が大切であれば店長のことは片思いのままでいるか、はたまた恋愛は仕事場以外の場所ですることにするのか、あなたにとって何が大切か、今一度落ち着いて考えてみてもいいのではないかなと思います。