彼氏をアプリで見つけてしまった(31歳・女性）

それは嫌な思いをしましたね。質問者様の感情はとても正常で、疑って情けないなんてことは全くありません。実は私も今の夫がアプリをやめたのは、お付き合いし始めて数ヶ月経った頃でした。自身の経験からお話ししますので、何かご参考になれば幸いです。
質問文を読ませていただいた限り、彼は質問者様にとても真剣に向き合ってくれていると思います。まず遊んではいないでしょう。ここ数ヶ月アプリのログインもしていないようですし、退会するのが面倒くさくてそのまま放置する男性は少なくありません。そのアプリが月額制だとしたら、有料会員でなくなるタイミング(1月)に一度アプリを開いたものの、そのまま放置でお金もかからないし、わざわざ退会するのも面倒くさいし、課金しなければ誰かと連絡とることもないからまあいいかと放ったらかしているだけのように感じます。
しかし質問者様のモヤモヤが晴れないのも事実。ですので私のおすすめは、「上手に鎌をかけて彼の誠実さを再確認する」です。鎌の掛け方は質問者様と彼の関係性を鑑みてご判断ください。何パターンか挙げますね。
①可愛く嫉妬する
「貴方と出会えて、このアプリを選んで良かった」という話から、「貴方はいくつアプリを使ったことある？他のアプリは私が使っていたのとはどう違ったの？」と知的好奇心から聞いているフリをします。「他のアプリにプロフィールが残っているだろうから、素敵な女性がアプローチしてきたらどうしよう！大好きな貴方を取られちゃわないか心配だな」と可愛く言って見てください。「君の不安がなくなるなら！」と、その場で退会させましょう。
②周りに目がある事を気付かせる
貴方のことが大好きだから、この間友達に自慢しちゃった！と可愛く言った後に「でも後日友達から、貴方が浮気してるんじゃないかって言われてショックだったの。アプリで貴方を見つけたんですって」としょんぼりしましょう。「貴方がそんな事しないのは分かっているけれど、友達は私の事を心配して言ってくれてるだけで、悪気はないのよ」と双方を庇う素振りを見せつつ、「でも貴方が周りからそんな風に誤解されるのは私も嫌だから、退会してほしい」と伝えましょう。
③ 他にアプリがないか鎌をかける
「友達が、私のお付き合いした後もアプリで貴方が活動してるっていうんだけれど、どういう事だろう？どれか使ってるのある？」と軽ーい感じで聞きます。まだ退会していないアプリを自分で挙げさせて、「うーん、アプリこんな名前だったかな？他にもない？また友達に会った時にも聞いてはみるけど」とアプリ名を忘れたフリをして鎌をかけます。
かけやすい鎌のかけ方は十人十色です。質問者様が自然体で出来そうな質問パターンをシュミレーションして挑んでください。コツは、彼の事が好きだから故に聞いているという体にして、決して尋問しないことです。
上手く行くといいですね。応援しています！