いろいろ行ききれない部分があり、モヤモヤします。(23歳・男性）

1つ目の質問文が確認できませんでしたが、今回の質問文を読んでみての回答をさせていただきますね。
まず、お別れの言葉であった「今の関係を続けるのがしんどい」という言葉に、彼女の今の気持ちが全て詰まっているような気がします。彼氏彼女の関係を続けることは、今の彼女にとっては不可能なこととなってしまったということです。現在、同じ職場にお勤めのようですが、社内恋愛って想像以上に気を使います。周りの方が２人の関係を知っている場合、仲良くしている姿を見られれば仕事に支障が、とか、あっさりし過ぎていても２人の関係は大丈夫なの？とか余計な詮索をされがちです。また、周りの人が知らなかったとしたら、いつどこで、どう見られているかを気にしながら生活（仕事）することが想像できます。きっと彼女は「今」の時間を大切にする方で、それ以外のことで気疲れすることを避けているように感じます。そう予想したのは、ラインを２４時間お休みモードにしていることからうかがえます。
また、質問者様が物事を１０か０かでとらえる方なのかなと感じました。何事にもグレーゾーンは存在します、特に人間関係は。お別れしたから、２人の仲を取り戻す道は、＝復縁だけ、とは限らないということです。彼女は最後に「人として嫌いになったわけじゃない」とお伝えしてくれているじゃないですか。「縁」を「復活」させるのではなく、縁を結びなおすイメージを持ってください。もともとの知り合いなのに、また１から関係を結びなおすなんて馬鹿げている、と思うかもしれませんが、その丁寧な人間関係の結びなおしができないから、世の「復縁」と呼ばれるものは、失敗に終わることが多いのだと思います。さらに、彼女は常にラインをお休みモードにするほど気疲れしやすい方だということ、質問者様はいまいち真に捉えていないようにも感じました。「私はおはようとおやすみだけは、言わなくなってしまうと何かが壊れてしまいそうな気がして、毎日言うようにしておりました。」という言葉からあるように、それはあくまで質問者様の気持ちの問題であって、彼女は「そんなことをしなくても、私たちはそれなりにうまくやれている（はず）、それを彼は理解してくれない（深刻さを芯に捉えていない）」と感じていたかもしれません。また、週１のプレゼントも彼女の希望や、周りの話を聞いて羨ましがっていたのであれば素直に受け取る（受け入れる）のであれば別ですが、気遣いの塊のような彼女には「もので私をつなぎとめているのか」とむなしくなることさえあったかもしれません。なぜ私が彼女の気持ちを代弁するような口ぶりかというと、私も若いころは彼女と似たような感覚を持っていて、我慢が重なると人間関係リセット癖のように、突然彼氏との別れを決断して周りを驚かせることがあったからです。
質問者様の考える「時間を空けてから、また」と、彼女の時間軸は違うと思うので、まずは接触を控える、から始めてみてもよいかもしれません。彼女の時間軸が少し動きだしたところで、彼女の方から話をしてくれると思います。そのタイミングを待てるか、待てないかで、彼女の「今」を大切にする気持ちを少し損用できるのではないかと思います。辛い時期かもしれませんが、どうか乗り越えてくださいね。