どうしたらいいのでしょうか？(19歳・男性）

前回回答させていただいたものです。状況のアップデートありがとうございます。率直に意見させていただきます。

最も高い可能性としては、現時点においては、あなたのことを恋愛対象としては見ていないと思います。仲良い友達という認識だと思います。
もし彼女があなたに対して恋愛感情を持っているのであれば、普通は「学校同じ子が塾に多いから2人でいると勘違いされちゃうかもしれないし、なんか言われそうだからごめんね」と突き放すだけでなく、フォローのコメントもくれるはずだからです。例えば、「学校同じ子が塾に多いから2人でいると勘違いされちゃうかもしれないし、なんか言われそうだからごめんね。でも、ほんとはまた一緒に帰りたいんだよね」のような感じです。

次の可能性としては、あなたに対して好意はあるものの、今は勉強が第一なので、恋愛感情を抑えているという可能性です。その場合は、「学校同じ子が塾に多いから2人でいると勘違いされちゃうかもしれないし、なんか言われそうだからごめんね」で終わってしまうことも考えられます。

おそらく前者の可能性が高いと思いますが、いづれにしても現在はあなたに対して恋愛感情は持っていない（もしくは持たないようにしている）というのが彼女の心理です。

今後の接し方は、これまでと変える必要は全くありません。引き続き今まで通り、彼女と接してください。一回断られたことでめげる必要はないです。
もちろん、また一緒に帰ろうとは誘いにくいですが、LINEでは仲睦まじく話していますので、それを継続すれば良いし、予備校で話す時もこれまで同じ感じで話せば良いです。ここでよそよそしてくなってしまうと、これまでの彼女との仲良い感じも薄まっていってしまいます。堂々とこれまで同じように仲良くして、仲良くなり続けてください。そして、勝負は受験が終わった後です。

応援しています！