アプリで出会った人が友達の元彼でした(20歳・女性）

友達の元カレだと躊躇してしまいますよね。その気持ちとてもよくわかります。
実際に同じような状況の友達の元カレと結婚した経験から、回答させていただきますね。

結論から言うと、そのまま彼と仲良くなっても大丈夫です。

その友達がちょっと複雑と言っていたのは、相談者様と彼が仲良くなるのが嫌だということではないと思いますよ。
付き合って別れるということは、少なからず彼に対して”別れたい”というネガティブな感情があって別れたということです。
同性の友達同士でも、自分がネガティブな感情を持った相手と好意を持っている相手が仲良くすると複雑な気持ちになるのと同じ感じだと思います。

相談者様は友達に対してきちんと報告していますし、友達も未練はなく「付き合ってもいいよ」と応援してくれているわけですから、仲が壊れることはないと思いますよ。
むしろ彼をある程度は知っているわけですから、最大の味方になってくれると思います。
変に気を遣って隠したりせず、相談すれば友達も安心することができ（彼への未練を疑われていると不安にならない）素敵な関係になれると思います。

その彼と素敵な関係になれるといいですね！
3人が幸せになれるように願っています。
同じ経験をしていますので、もしなにかあればいつでもまた相談してくださいね。
応援しています！