好きだけど別れを受け入れるべき？(28歳・女性）

私は結婚相談所に勤務して約15年、現役バリバリのスタッフです！
今回のご相談、かなり切実ですね・・・質問者様の心中お察し申し上げます。
彼氏様は「お互いのために別れた方が良い」との事で、それを受け入れるかどうかという事ですが、仮に受け入れるとしてもスンナリ「はい、わかりました」とは言わない方が良いと思います。
質問者様は今でも現在進行形で彼氏様の事を「心の底から好き」なんですよね。「それほど好きな彼がそう言うのであればその様にしてあげるのが自分のやるべきこと」なんて考えなくて良いです。
最悪、結果、「やっぱり別れよう」で意見を通されたとしても、ちゃんと今の質問者様の好意はお相手様に伝えるべきかと思います。でないと後々で後悔します。

・貴方が忙しくなっても理解しているつもりである
・貴方が私との交際を継続したいと少しでも考えてくれているのであれば頑張れる
・もし万一、私の事を気遣ってその様に言ってくれているのであれば、そんな事は気にする必要が無い

という様な事をお相手様に伝えてください。
先ずは、彼氏様がこちらの事を思って別れる様に仕向けているという可能性を潰すのです。

「いやそんな話じゃないんだ。関係を継続すると自分（彼氏様のこと）がしんどくなるんだ」という返事がある場合。この場合は「お互いの為を思うと」ではありません。ただ単に彼氏様が一方的に「別れたい」と思っているところを、さもお互いがそう思っていますよ的な話にすり替えているだけです。
こうなると厄介です。追うと逃げます。深追いは禁物です。一旦引いて、「でも自分は交際を継続したいと思ってるけどね。私は連絡もらえると嬉しいんで気が向いたらいつでも連絡してね」的な提案をし、後は彼氏様の良心に期待するしかないです。

もう一度まとめますと、今回はすんなり彼氏様の提案を受け入れるべきではありません。ちゃんとご自身の気持ちを伝えて、その上で彼氏様の判断を仰ぎましょう。良い形に進む事をお祈りいたします。