嫁に不倫されました。(29歳・男性）

まず、「自由にさせた自分が悪かった」と考えすぎなくていいと思います。相手が「肉体関係は持たない」と約束した以上、その約束を破った責任は相手にあります。

①あの時もっと強く止めるべきだったのか
A：そうとも言い切れません。
一見「止めるべきだった」ようにも見えますが、
・「妻を自由にしたこと」と「妻が約束を破ったこと」は別問題
・強く止めても別の形で出ていた可能性はある（隠れてするなど）
・信じて送り出したからこそ、相手も正直に言ってくれた可能性もある
・「むしろ子供ができる前で良かった」という捉え方もできる
・結果論
これらを踏まえると「自由にさせることは間違いでもない」と思います。
未来のことはだれにも分かりません。そんな中、いろんな人に質問をしたうえで選んだ選択ですから、ベストは尽くしているはずです。

②再構築するなら最初に何を決めるべきか
A：まずは浮気を再発させないことです。
根底にあるのは彼女の精神面の弱さ。なのでここを克服するための手段を考えることが先決です。
・誓約書を書かせる
・カウンセリングを受ける
上記がネットで言われる一般論ですが、わたしなら
・GPSで位置情報を”お互い”知れるようにする
・突然「SNS見せて」と言われても応じるルールを”お互い”に作る
このようなことを検討します。
ただし「知れるようにする」だけで実際に監視はしない。
SNSチェックも最初は数か月に一回抜き打ちでやるだけ。あとは年に一度、2年に一度と頻度を落とす。
街灯や門にカメラが付いているだけで抑止力になるように。「いつでも見れる」という状態にするだけで、ある程度は抑止力が働きます。
また、お互いに適用することで、監視ではなく夫婦間の透明性を高めるルールになります。

監視するような夫婦関係になりたくないのは分かります。ですが「体の関係を持たない」という最大のルールを破った以上、本人の意思に頼るやり方（ルール）は通用しないと思った方が良いです。
・二度寝してしまう→目覚まし時計をベッドから離れた場所に置く
・クレジットカードを使いすぎる→利用上限を設定する
・運動をさぼる→ジムに通ってトレーナーの指導を受ける（約束する）
これらも本人の意思に頼らず、仕組みで解決する例です。
「人間は誘惑されるし、疲れるし、判断を間違えるもの」という前提で、そもそも問題が起こりにくい構造（システム）を作る。
初めはこれくらい厳しい面を見せた方が、彼女の気も引き締まると思います。

③本当に反省しているか、再構築できる相手かを何で判断すればいいか
A：時間と行動が伴っているかで判断するとよいです。
口では何とでも言えます。
短期間なら誰でも頑張れます。
本気な人は長期間、行動し続けます。

ダイエット
・「明日から痩せる！」と言うのは簡単
・1週間だけ食事制限することもできる
・でも、3か月・半年と生活習慣を変え続けているなら、本気で変わろうとしている可能性が高い

二度寝
・「明日から絶対に起きる」と言うのは簡単
・数日だけ早起きすることもできる
・でも、何週間も目覚ましを離れた場所に置くなど、対策を続けているなら、本気で改善しようとしていると判断しやすい

仕事のミス
・「次から気をつけます」と言うのは簡単
・その場では誰でも反省した態度を取れる
・でも、チェックリストを作り、その後何か月も同じミスを防いでいるなら、本当に改善しようとしていると判断できる

特に重要なのは「相手に監視されているから仕方なくやっている」のか「自分から再発防止の行動を続けている」のか。
「再発防止のために、あなたは何が必要だと思う？」と相手にも考えてもらうのが良いと思います。
本人が自分で再発防止策を考えられるかどうか自体が、反省の判断材料になります。

時間の目安は質問者様の感覚でOKです。
自分が加害者側なら、何か月くらいで根を上げそうか。
それよりも長く続けられていたのなら、再構築できる相手だと判断して良いと思います。

④実際に再構築された方は、信頼が戻るまでどれくらいかかったか
A：完全に戻ることはありませんが、気にしなくなるのは数か月～3年くらいの感覚です。
わたしは浮気された経験はありませんが、適応障害やいじめなど、精神的に傷つけられた経験はあります。
それらの経験で回答すると、距離を置いたら3か月～1年くらいで「そんなこともあったな～」と他人事のように思える印象。いつも一緒に居るなら、1年～3年くらいはかかるかなと思います。
ただ、「一度失った信頼は完全に元に戻らない」とも思います。
例えるなら身体に深い傷を負ったようなもので、数日～数か月で傷自体はふさがります。ただ傷跡は一生残ります。
心の傷もこれに近いと思っていて
・起こったことは一生覚えている
・事実を無かったことにはできない

ですが、人はそうして成長していくものだとも思っています。
実際、何の失敗もなく成功した人はほとんどいません。ほぼ全ての人は転んで膝をすりむいたり、多少血を流した経験をしているはずです。
なので
・「元に戻る」というよりも「共存する」イメージ。
・彼女に対する信頼のステータスが　100（現在）/100（最大）から20（現在）/95（最大）になったイメージ。
ここからどんなに巻き返しても信頼が100になることは無い。95で打ち止めになる。わたしはそんな印象を持っています。　

◆結論「自分が選んだ道を正解にしていく」
妻を寂しくさせてしまったことなど反省する部分もあります。ただ、それと今回の行為は別問題だとも思っています。
これと同じで、
（感情）スマホやSNSを監視するような夫婦関係にはなりたくない。
（理屈）でも現実的にはそのようなシステマチックな対策が有効。
物事にはすべて良い面・悪い面があるもの。なので「どれが正解か」ではなく「自分が選んだ道を正解にしていく」という考えを持つのが良いと思います。