彼女の気持ちは？(23歳・男性）

以前も回答させていただいた者です。情報のアップデートありがとうございます。今回も率直に意見させていただきますね。

1.彼女は研究室で気まずくならないように対応してくれているのでしょうか？
これはないと思います。気まずくならないように対応しているのであれば、10日ほどLINEが続くことはないです。その前にうまく会話を切っているはずですし、また、2回も二人でご飯にはいかないはずです。

2.2人でご飯に行きたいと思ってくれていそうでしょうか？
これは現時点ではどちらとも言えないです。理由は、日程調整が完了していないからです。すなわち、会話の流れで「うん！」と言ってくれている可能性もあるし、本当にいきたいと思っている可能性もあります。ただ、「日程はこれから決めようと話してます。」とのことで日程を決める気ではいるようですので、どちらかと言えば本当にいきたいと思っている可能性が高いです。結局は、日程調整ができるかどうかで、本当にいきたいと思っているかどうかが分かります。

3.好きバレしてるでしょうか？
好きバレまでしているかどうかはわかりませんが、あなたが彼女に対して好意を持っていることは確実に伝わっています。ただ、それが友達としての好意なのか恋愛としての好意なのかは、彼女もまだ分からないのではないかと思います。理由は、同じゼミで一緒に調査をしているので、二人でご飯に行ったりお茶したりするのは、友達としても比較的自然な行為だからです。たとえば、あなたが食事以外（映画など）を誘ったら、明らかに好きバレすると思います。

全体して、（友達としてか恋愛対象としてかはわかりませんが）あなたに対して好意を持ってくれている可能性が高いと思いますので、このまま距離をつめていけば、十分に付き合える可能性はあると思います。

引き続き応援しています！

色々やり取りされている中でお相手女性の対応や反応から質問内容に回答させていただきます。
ただ、現状はそこまで好意を抱かれている状態では無い可能性が高いため、急がず少し様子を見るのも検討に入れてみることをオススメします。

1.彼女は研究室で気まずくならないように対応してくれているのでしょうか？
→これは質問者様の想像通りだと思います。
　完全に脈無しであれば無視を突き通せば良いのですし、質問者様に好意があるのであれば3日等間を置かずすぐに連絡をしたくなるはずです。
　その為、質問者様を蔑ろには出来ないが、好意を持つまでには至っていないという可能性が高いです。

2.2人でご飯に行きたいと思ってくれていそうでしょうか？
→これはあまり思っていない可能性が高いです。
　予定がリスケになった際も、仮に質問者様のことが好きな場合同じ結果になったでしょうか？
　冠婚葬祭であれば話しは変わりますが、そうでないのであれば実家に帰る予定はいくらでも調整が効くと思います。
　その為、お相手女性の中で質問者様の優先度はそこまで高くないと考えた方が良いです。

3.好きバレしてるでしょうか？
→これは相手にもよりますが、2人で誘う約束を複数回していることから「好意を持たれている」と考えている可能性は高いです。
　逆の立場で異性から何回もご飯に誘われたら気があると考えると思います。
　その為、好きバレしていると考えていいと思います。

この回答が参考になれば幸いです。
質問者様の幸せを祈っています。