好きな人の気持ちを知りたい 本音を聞きたい(26歳・女性）

文章を読んでとても胸が苦しくなりました。きっと今は気持ちがぐちゃぐちゃになっているのでしょう。
この回答により、ご質問者さまの気持ちの整理に役立てれば幸いです。

まず、文章を読んで私が感じたことは、おそらくご質問者さまの中で答えはでているのではないか？ということです。
「次に進みたいのに」
この一言に全てが集約されています。
これは第3者として文章を拝読した私の客観的な意見ですが、
「そんなレベルの低い男性に見合う女性にならないでください」
ということを強くお伝えたいです。

仮にも、"部長"なのですね、そのお方は。
どの程度年齢差があるか存じ上げませんが、おそらくご質問者さまからみれば多少なりとも年上の男性でしょう。
若手の部下に簡単に手を出し、曖昧な関係を続けるなんて、異性として以前に人としてどうかと思います。
優れた人格を持ち合わせたマネジメント能力の高い管理職に、まずこんな人はいません。公私混同も甚だしい。

もしかしたら、最初はご質問者さまと真剣交際も考えていたかもしれません。でも実際そうはなっておらず、不安な気持ちにさせている。これが発展すれば男女のもつれにもなりかねないわけです、しかも社内で。
よって、ビジネスマンとしても、人としても、危機管理が甘い＝レベルの低い男性　と感じざるを得ません。

最後に、今のお気持ちを次に進めるための最初のステップをご提案させて頂きます。
想像してみてください。客観的には上記のような評価が下るお相手に、もし振り向いてもらえたとして、ご質問者さまは長期的に良好な関係を築けるでしょうか？お付き合い前の不安というのはだいたいの場合において、お付き合い後さらに増幅します。もっというと結婚後なんてより一層です。

それでも良いというなら止めませんが、もしそのお相手とお付き合いするなら、ご自身の人としてのレベルも下げることになるということを、お忘れなきよう。今が冷静になる踏ん張り時です！ぜひ落ち着いて考えてみてくださいね。応援しております！