見た目や性格もタイプだったが、タバコを吸っているのがネックで後日連絡を取るのをやめた。この判断は正しかった？(21歳・男性）

「正しい」とか「間違っている」という判断は、一概には言えないものです。まず肝心なのは、自分の価値観や非交渉可能点を明確に持っていることです。あなたにとってタバコは交渉可能な平穏な関係や健康に対するリスクファクターとして受け入れられないものだったと捉えられます。自分のライフスタイルに合わない習慣を持つ人を選んでは、将来的に不快感や衝突が生じることも予想されます。

恋愛では、相手の好ましい側面だけでなく、許容できない側面についても受け入れるかどうかが重要です。タバコを吸うことに関して嫌悪感を感じ、それが関係を続ける上で大きな障害になると感じたのであれば、その時点で関係を進めない選択をするのは合理的な判断と言えます。相手のその習慣を変えようと強制することは避けるべきで、自分にとってそれが許容できるか否かのみが判断基準となるべきです。

また、恋愛においてはお互いにとって「居心地の良さ」や「相性」というのが重要です。タバコを吸うことがあなたにとってディールブレーカーである場合、それを理由に関係を進めなかったことで、後に後悔するよりも良い結果を導いたかもしれません。自分に合わないと感じる相手と強引に関係を築くよりも、より相性の良い人を見つける方が、結果的にあなたにとっても相手にとっても幸せにつながります。

それでも心に引っかかる思いが残るのであれば、将来似たような状況に再び遭遇した際、相手にオープンに話をし、頓着しないか、または変更可能かを確認するなどの手段を取るべきかもしれません。しかし、今回関係を持続しなかったこと自体は、自分の価値観に即した正しい選択だったと言えるでしょう。

ご質問ありがとうございます。
私も質問者さんと同じで喫煙者だけはどれだけいい女性でも恋愛対象から外していました。タバコは百害あって一利なしですし、デート中に喫煙所に行かれるのもなと思います。禁煙してくれればいいですが、それも保証できないですし。またいずれ子供が欲しいとなった場合に妊娠中は禁煙しても出産後また吸い始めないか？と心配になります。質問者さんが吸っていない方がいいと思っているのであればその価値観を大事にしてください。もっと素敵な女性は絶対にいるはずです。

私の友人の奥さんは妊娠を機にしっかりと禁煙し、現在まで禁煙できていますのでタバコを吸う女性がみんな生涯吸い続けてるとは思いませんが、私はやはり恋愛対象から外してしまいますね。

ご自身の価値観にそって判断されたことですので、今回の決断に誤りはないでしょう。
相談者さまのおっしゃる通り価値観は人それぞれです。他人から見て些細なポイントに感じるようなことでも、誰しも譲れない・これは妥協できないという点は持っているはずです。ご自身にとって喫煙の有無が絶対のポイントであったかは定かではありませんが、少なくともそのマイナスポイントを覆すほどの好意はその女性に対し持っていなかったということでしょう。
価値観や信念といったものが揺らぐとこに戸惑うかもしれませんが、いつか「喫煙者でも構わない」と思えるほど素敵な女性に出会ったときは、どうぞ柔軟にご自身の考えを変化させてみてください。過度に価値観に囚われることなく、その時のお気持ち・新しい考えを受け入れることも素敵な経験ですよ。

余談ですが、20代前半（主に学生時代）に一度喫煙をはじめた女性で、30歳になるまでにタバコを辞めた知人が多くおります。
ファッション感覚やいわゆる周りのノリではじめていた場合、依存性も低くまた他の関心（美容や結婚など）に興味が移ると辞めるキッカケも増えるようです。
多少長い目で見てもよいかもしれませんね。