初デートで車で迎えに来てきてくれるのを断ってしまった。よくなかった？(21歳・女性）

まだお互い慣れていない間の「車に乗る/乗らない」問題ですが、これもよくあるご質問の一つですね。
私は結婚相談所に勤務していますので、よくお客様から同様のご相談を頂きます。

さて今回の質問者様のケースですが、初対面は合コンの場という事なので、おそらくその男性とお会いするのは2回目ですね。
男性の方はご自身の車で質問者様を迎えに行ってランチのお店に行き、ランチデートの後にまた質問者様を送っていく・・・という様なイメージをお持ちになっていたのでしょうね。

結論から言いますと、質問者様の行動は間違っておりません。
男性からすると、確かに断られる事について一抹の寂しさはあります。
車の中で移動中、二人きりでゆっくり話ができますので、その時間が無くなってしまうからなんです。
また同時に、警戒されているのかな、とも思うかもしれません。

しかしその反面、質問者様に対して「簡単に男性の車にホイホイ乗らないという意識を持ち合わせているんだな」という、安心感というか、しっかりしてるな、というプラスの感情も生まれます。
そちらの方が実は男性も嬉しかったりします。
今回のお相手様はイヤな顔をされていなかった、という事が何よりの証拠かと思われます。

基本的に車に乗ると密閉空間となりますので、慣れないうちはどなた様であってもあまりオススメしていません。
男性側にも「最初のうちは公共交通機関の方がいいですよ」とアドバイスしています。
要は女性に変な心配をかける様な事はしてはいけないんですね。

もしお相手男性の厚意を無にしてしまったな、と気になる様であれば、またどこかの機会で結構です。
質問者様とお相手男性とのデートがある程度進んで気持ちが変わった時にでも「前に一度、車に乗せてくれるって言ってくれた事あったけど、良かったらまたお願いしてもいい？」と尋ねてみてください。
きっと今回の事は男性側もあまり気にされておらず、「ああ、いいよ」とニッコリして下さると思いますよ。